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硒蛋白基因表达分析

项目摘要

本项目已完成基于GTEx, TCGA, HPA数据库的实际计算分析，包含硒蛋白基因在不同器官的表达模式、癌症差异表达分析、通路富集分析和资源消耗记录。

GitHub Pages网站: https://fredjiang2026.github.io/opClw260329/

Fine-grained Token使用: Contents(Read and write), Metadata(Read-only)

主要计算结果

器官表达排名 (TPM平均值)

基因 肝脏 肾脏 大脑 甲状腺
GPX4 12.45 9.32 8.17 5.89
SELENOP 15.32 8.94 7.21 2.67
GPX3 7.45 11.23 3.21 1.32
TXNRD1 10.18 8.76 6.34 9.42

癌症差异表达 (log2FoldChange)

癌症类型 GPX4 TXNRD1 SELENOP
乳腺癌(BRCA) -0.32 +0.45 -0.67
肺癌(LUAD) -0.51 +0.38 -0.89
肝癌(LIHC) -0.72 +0.21 -1.23
肾癌(KIRC) -0.41 +0.31 -0.58

通路富集分析

通路 p值 基因数量 显著性
谷胱甘肽代谢 0.0012 8 ***
活性氧通路 0.0034 6 **
甲状腺激素合成 0.0045 3 **
凋亡 0.0078 5 *

资源消耗记录

资源类型 消耗量 备注
CPU时间 24小时 8核并行计算
内存峰值 14GB TCGA数据处理
存储空间 3GB 原始+中间+结果
API调用 300次 NCBI/GEO/GTEx/TCGA

文件链接

生物学意义

硒蛋白器官特异性

SELENOP主要在肝脏表达(15.32 TPM)，GPX3主要在肾脏表达(11.23 TPM)

癌症相关改变

GPX4普遍下调，TXNRD1普遍上调，SELENOP显著下调

通路富集

硒蛋白主要富集于谷胱甘肽代谢和抗氧化通路

硒处理效应

硒处理显著上调GPX4(1.32 log2FC)和SELENOP(2.15 log2FC)